（會議主席、民進立委段宜康解釋，此法若排除適用宗教財團法人，恐怕會使大家都冠上宗教名義而無人適用本法。薛翰駿／攝影）
立法院司法法制委員會今（12）日完成《財團法人法》草案的審查，部分宗教團體以各種理由反對引發爭議的納入宗教財團法人條文，將留待黨團協商時處理。今日除了中國國民黨立委保持一貫立場主張排除、並提出修正動議外，民進黨團總召柯建銘和除了段宜康之外的黨籍委員會立委，也提案連署排除適用宗教財團法人，但段宜康最後仍將此條文保留，送交黨團協商處理。
有關宗教背景的財團法人是否適用本法，關鍵的條文在第一條，原本行政院的條文規定：
「為健全財團法人組織及運作，促進財團法人積極從事公益，增進民眾福祉，特制定本法。財團法人之許可設立、組織、運作及監督管理，除民法以外之其他法律有特別規定者外，適用本法;本法未規定者，適用民法規定。 」
原本內政部負責訂定《宗教團體法》，規範包含以社團法人、財團法人或未以法人登記的各種宗教團體，原本也要求各宗教團體要進行財務公開接受公眾監督，但受到許多宗教團體反對而被擱置，目前連草案當尚未提出，若《財團法人法》草案通過，宗教團體中以財團法人形式登記者也先受到規範，必須公佈財務。
一直反對納入宗教團體的中國國民黨立委也在今日提出提修正動議，加入排除宗教財團法人的文字。分別有林德福所提的加入「宗教性質之財團法人另以法律定之」、吳志揚所提的「宗教財團法人之許可設立、組織、運作及監督管理，不適用本法」以及二人一起提案的「宗教及國際學術交流財團法人之許可、設立、組織、運作及監督管理，不適用本法」等修正動議。
民進黨團總召柯建銘也提修正動議加入「除民法以外之其他法律有特別規定及宗教財團法人外」、「宗教財團法人之許可設立、組織、運作及監督管理，另以法律定之。」等文字排除適用宗教財團法人，除了段宜康之外的黨籍司法法制委員也都有參與此案的連署。
吳志揚表示，宗教團體捐贈的文教基金會可以納入本法，他們是怕宗教本身用財團法人登記的受到影響，基於尊重宗教團體，應該把他們排除。
民進黨立委李俊俋表示，宗教團體如果不要公開財務，要說服大家，一路下來他都聽不到任何的理由跟依據。段宜康指出，若把宗教團體排除，很可能會出現想規避監督的財團法人都去冠上宗教的名號，這樣一來大家都不適用了。時代力量立委黃國昌也表示反對排除，認為不但無法說服社會大眾為什麼要排除宗教團體，這樣實際上是在掏空財團法人法。
行政院版的《財團法人法》草案全文一共有75個條文，今日全部處理完畢，但有關是否納入宗教財團法人以及政府出資的財團法人若受到私人取得多數後可否再由政府買回等朝野立委有爭議的16個條文都因為沒有共識而保留，將在日後黨團協商時再次處理。
專研民間信仰的學者，靜宜大學臺灣研究中心執行長溫宗翰表示，之前部分民進黨人士與支持者曾經說，去年到凱道反對政府金香政策的廟宇與學者其實是要反對立法規定宗教團體公開財報，但事實上他們當時都全面支持宗教團體法與財報公開，甚至有許多人也參與內政部的宗教團體法的制定。
他解釋，抗議並拒絕宗教團體法的宗教團體有幾種類型，其一是對執政黨為反而反或很可能有紅色背景的團體，其二是特殊佛教團體，其三是被煽動的盲從者。一般民間信仰的宗教團體對這件事情完全無感，最多是當時佛教團體聲援金香議題，然後抱持報恩心態去聲援佛教團體。
溫宗翰說明，一般民間信仰原有形成的脈絡就是公眾性的，現有的財務本來就非常公開透明，即使有些宮廟沒有公告給信徒知道，在內部的財務報表中，也都是公開的資訊，所以民間信仰廟宇大多不覺得宗教團體法要求財務公開會對他們造成甚麼影響。
他也指出，有些特定的佛教團體貪瀆財產，謀騙許多地方社會的土地等資源，是在獨裁戒嚴時期所培養的，因此他們和當時的執政者很容易就沆瀣一氣。